分泌系统及效应蛋白预测方法
Last updated
Was this helpful?
Last updated
Was this helpful?
一篇关于效应蛋白预测软件的综述：
EffectiveT3:
BEAN2: # 可以下载本地版，配置起来有点麻烦。
peffect: # 可以下载本地版。
SIEVE: # 有时候提交序列上去不会有回应。
Bastion3: # 每次最多提交500条序列，序列不能短于50，不能长于5000，而且里面不能含有非法字符。
Tbooster: # 需要ANN, BEAN2, BPBAac, EffectiveT3, SIEVE, T3MM的预测结果。
GenSET: # 构建单个物种的T3SE预测模型，需要自己训练模型，文章里面有训练方法的说明。
T3SEPre：需要用psiblast在数据库中搜索得到pssm，然后用另外两个软件预测蛋白序列的二级结构、疏水性，运行时间长，而且预测效果与BPBAac相近，不推荐
ppsec：预测原理为：在不同物种中，某蛋白如果总是与T3SS一起存在，那这个蛋白很可能是T3SE。只能预测那些能够在多个物种中构建直系同源基因簇的基因。作者一次性把数据库中存在的基因都预测了，而没有开放预测新的基因的功能。
ANN：需要找作者拿软件
BPBAac、T3MM：网页预测链接已失效。
Bastion4：
Bastion6：
TXSScan：