分泌系统及效应蛋白预测方法

效应蛋白预测方法

服务器上有一个写好的脚本，可以用4个软件（DeepT3, EffectiveT3, T3MM, BPBAac）来预测效应蛋白：/mnt/sdb1/home/lch/project/effector/script/effector_predict_v0.2.py。

感觉DeepT3、Bastion3、peffect、BEAN2相对其他工具靠谱些。如果只需要大致地预测，可以只选用这几个软件，取交集。

EffectiveT3: https://effectors.csb.univie.ac.at/effective/submit
BEAN2: http://systbio.cau.edu.cn/bean/ # 可以下载本地版，配置起来有点麻烦。
peffect: https://services.bromberglab.org/peffect/ # 可以下载本地版。
SIEVE: https://cbb.pnnl.gov/portal/tools/sieve.html # 有时候提交序列上去不会有回应。
Bastion3: http://bastion3.erc.monash.edu/server.jsp # 每次最多提交500条序列，序列不能短于50，不能长于5000，而且里面不能含有非法字符。
Tbooster: http://tbooster.erc.monash.edu/server.jsp # 需要ANN, BEAN2, BPBAac, EffectiveT3, SIEVE, T3MM的预测结果。
GenSET: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5168842/ # 构建单个物种的T3SE预测模型，需要自己训练模型，文章里面有训练方法的说明。
T3SEPre：需要用psiblast在数据库中搜索得到pssm，然后用另外两个软件预测蛋白序列的二级结构、疏水性，运行时间长，而且预测效果与BPBAac相近，不推荐
ppsec：预测原理为：在不同物种中，某蛋白如果总是与T3SS一起存在，那这个蛋白很可能是T3SE。只能预测那些能够在多个物种中构建直系同源基因簇的基因。作者一次性把数据库中存在的基因都预测了，而没有开放预测新的基因的功能。
ANN：需要找作者拿软件
BPBAac、T3MM：网页预测链接已失效。