服务器常用数据库、软件

别人已经下好的数据库/软件，就不用再下一遍啦～

数据库

Database	Path
NCBI nr（blast）	/mnt/sdb1/home/public_data/database/nr/nr_v5
NCBI nr（diamond构建）：	/mnt/sdb1/home/public_data/database/nr/nr.dmnd
NCBI refseq（diamond构建）	/mnt/sdb1/home/public_data/database/refseq/refseq_protein.dmnd
NCBI nr（blast）	/mnt/sdb1/home/public_data/database/refseq/refseq_protein
uniprot（blast）	/mnt/sdb1/home/public_data/database/uniprot/uniprot_sprot
uniref50	/mnt/sdb1/home/public_data/database/uniprot/uniref50
NCBI taxonomy	/mnt/sdb1/home/public_data/database/taxonomy/taxdump
clarkdb（NCBI微生物基因组）	/mnt/sdb1/home/lch/database/clarkdb

软件

全局环境已有软件：

• conda v4.6.14

• bcftools v1.9-80

• snakemake v5.4.5

• samtools v1.7

• bedtools v2.26.0

• blast v2.6.0+

• tmux v2.6

• mummer v3.23

• bowtie v1.2.2

• bowtie2 v2.3.4.1

• bwa v0.7.17

• exonerate v2.4.0

• fsa v1.15.9

• HMMER v3.1b2

• phylip v1:3.696+dfsg-5

• phyml-mpi v3.3.3

• primer3_core(libprimer3 release 2.4.0)

• clustalw v2.1

不在全局环境内的软件：

Software/Env	Path
lch的conda base环境	/mnt/sdb1/home/lch/.local/lib/miniconda3
diamond v.924	/home/xiaofan/usr/bin/diamond.v924
CLARK v1.2.5.1	/bioinfo_tools/src/CLARKSCV1.2.5.1/

conda常用命令：

# 查看conda环境中安装了什么生物信息相关软件
# env_path example: /mnt/sdb1/home/lch/.local/lib/miniconda3
conda list -p [env_path] |grep bioconda 

# 激活环境
conda activate [env_path]

# 退出环境
conda deactivate

想知道更多关于conda的使用，请阅读conda官方文档